1、操作上的區別：直接支付是直接上報財政局。而授權支付客戶必須先向財政部申請支付財務批準；

2、指令提供者的區別：財政直接支付由財政部門向中國人民銀行以及代理銀行簽發支付指令，財政授權支付由預算單位按照財政部門的授權，自行向代理銀行簽發支付指令；

3、支出內容的區別：工資、購買消費、轉移等支付支出屬于直接支付的內容，而其他的購買或零散的消費支出，為實行財政直接支出的均屬于授權支付內容。

財政直接支付方式

直接支付方式下獲得財政補助的程序：上市公司需要支付財務資源時，必須根據財政部預算和支出計劃直接向財政部提出支付申請。經財政部門核對后，財務部門會通過零余額賬戶直接向收款人支付款項。因此，當代理人收到了銀行分配給財務部門的財務余額賬戶付款信息時，上市公司必須按照財務部門實際支付的金額計算財務補貼。即財政直接支付方式下，事業單位在實際使用了財政資金的同時確認財政補助收入。