新生兒醫保報銷比例如下所示：

普通門診費用按年為結算單位。對于門診看病費用在300元以下的部分，醫保基金支付比例為40%，即最高報銷120元/年。這部分費用一次性結算完成。而對于300元以上的部分費用，需要個人自付。

大病門診費用，例如血友病、再生障礙性貧血、系統性紅斑狼瘡等病種，醫保基金沒有起付限，支付比例為75%。

住院費用根據醫療機構等級設定不同的起付標準和基金支付比例。以三級醫院為例，如果住院費用標準超過500元，醫保基金支付比例為80%。