農村合作醫療和社保是有沖突的，因為不能同時享受這兩種待遇。在同時繳納農村合作醫療與社保的前提下，建議注銷合作醫療，只參加社保。社保不僅醫療險的報銷比例高些，而且退休以后養老金也領取的比較多，待遇比農村合作醫療要好很多。