三明市醫療保險管理中心內設主任一名,副主任二名,業務科室六個：基金征繳科,待遇審核科,醫療稽核科,綜合科,計劃財務科,信息管理科。市醫療保險管理中心是市勞動和社會保障局直屬的事業單位,其基本職能是：1.貫徹執行國家和省、市有關城鎮基本醫療保險的方針、政策法律、規章和實施細則；2.負責城鎮職工、城鎮居民醫療保險基金的征收、支付和管理；3.負責定點醫院、藥店的管理指導工作；4.負責市本級醫療保險信息管理系統開發、管理和培訓工作,并對全市醫療保險經辦機構的信息管理工作進行業務指導和技術培訓；5.負責市本級醫療保險會計和統計報表編制和全市醫療保險會計和統計報表匯總工作；6.受市勞動和社會保障局委托對全市醫療保險經辦機構業務工作進行指導；7.完成市勞動和社會保障局交辦的其他工作。醫療保險個人帳戶信息查詢IC卡查詢,提供個人IC卡卡號,登陸三明市勞動和社會保障網。
當前,要著力抓好兩個方面工作。一是要強化醫療保險和醫療費用雙控管理。規范繳費基數申報核定,力保基金足額征繳,建立基金運行分析和風險預警制度,提高基金使用效率。加強醫療稽核,建立定期通報制度,推進付費方式改革,嚴格控費指標,降低藥品費用及總費用。二是要提高城鎮基本醫療保險待遇水平。進一步做好城鎮職工、城鎮居民基本醫療保險普通門診統籌工作,做好開展新一輪職工商業補充醫療保險的各項準備工作,以切實減輕參保人員的大病醫療費用負擔。