支付寶好醫保住院醫療和長期醫療的區別為：

1、保費不同：兩者的保費都需要根據投保人的年齡決定，以25歲的投保人（購買了社保）為例，支付寶好醫保住院醫療的保費為129元/年，長期醫療的保費為149元/年；

2、承保的保險公司不同：支付寶好醫保住院醫療的承保公司為眾安保險，長期醫療的承保公司為中國人保健康；

3、最高保額和免賠額也不一樣：支付寶好醫保住院醫療的最高保額為600萬，免賠額為每年1萬；長期醫療的最高保額為400萬，免賠額為每6年累計1萬。