農村合作醫療報銷有期限，參保人需要在就診結束后當前年度申請，跨年度則不予報銷，如果是年底就診需跨年度報銷的也不能超過2個月。因為農村合作醫療保障期限為一年，第二年需重新籌資，參保人需要重新繳費參合，而且第二年的報銷方案也可能會改變。

不過，農村合作醫療保險制度并不是全國統一的，各地規定不一樣，需以當地的報銷政策為準。