新農合的報銷比例沒有社保報銷比例高，新農合和社保都是我國基本醫療保障制度的一部分，還有一個城鎮居民醫保，覆蓋全體城鄉居民。住院的針對不同對象、籌集基金標準不同、經費來源、補償標準不同，賠付比例也有差異。

新農合針對的承保人群一般是農村務農人員，在保費上沒有職工社保或城鎮職工醫保的繳納費率高，所以一般職員社保或者城鎮居民醫保的報銷比例比新農合高。

但是無論哪一類人員，門診、急診大額醫療費支付的費用最高限額是兩萬元。一般城鎮居民醫療保險報銷比例較高，城鎮居民醫療保險的報銷比例高達85%，新農合的報銷比例根據不同醫院的等級報銷比例在10%-80%之間。